شهید مدرس مطابق دستنوشته خود، در حدود سال ۱۲۸۷ ه ق برابر ۱۲۴۹ ه ش در سرابة کچو از توابع اردستان در خانواده ای روحانی ولادت یافت. پدرش سید اسماعیل فرزند میر عبدالباقی از طایفة میرعابدین بود که از سادات طباطبا و اصلاً زواره ای هستند. در سال ۱۲۹۳ ه ق در سن شش سالگی به همراه جدش سید میر عبدالباقی به قمشه مهاجرت کرد. در سال ۱۳۰۳ ه ق برای تحصیل راهی اصفهان شد و درس قریب سی استاد را درک نمود. در سال ۱۳۱۱ ه ق عازم عتبات عالیات شد و پس از تشرف به محضر میرزای شیرازی در نجف اشرف مقیم شد و به مدت هفت سال، علماء و بزرگان آن زمان را تیمناً و تبرکاً کلاً درک کرد ، اما عمده تحصیلاتش نزد آیات خراسانی و یزدی بود. همچنین با میرزای نائینی و شیخ فضل الله نوری و سید ابوالحسن اصفهانی و شیخ عبدالکریم حائری مباحثه داشت. در حدود سال ۱۳۱۷ ه ق به اصفهان بازگشت و به تدریس پرداخت. به دلیل مواجهه با ظلا لسلطان و در نهایت انقلاب استبداد به مشروطه نقشه های سیاسی ویژه ای برایش رقم خورد تا جایی که مورد خشم بدخواهان و هدف تیراندازان استبداد قرار گرفت. در سال ۱۳۲۸ ه ق از سوی مراجع عظام نجف اشرف به عنوان عضو هیأت طراز اول ناظر بر مجلس شورای ملی برگزیده شد. در سال ۱۳۳۵ ه ق مقارن جنگ جهانی اول به همراه عده ای از دوستان و همفکرانش به کرمانشاه مهاجرت کرد و در آنجا دولت موقت در تبعید را تشکیل دادند تا در صورت رقم خوردن سرنوشت جنگ به سود متحدین، بتوانند به عنوان دولت در تبعید هم پیمان با دول محور، قدرت را به دست گیرند و تمامیت ارضی ایران را حفظ کنند. آیت الله سید حسن مدرس در سال ۱۳۳۷ ه ق با کابینه وثوق الدوله بر سر انعقاد قرارداد ۱۹۱۹م. در افتاد و در سقوط آن مؤثر بود. در دوران کابینه سیاه که با کودتای ۱۳۳۹ ه ق ( ۳ اسفند ۱۲۹۹ ه ش) روی کار آمده بود بار دیگر مورد سوءقصد قرار گرفت. رضاخان که به شدت از او و اندیشه هایش می ترسید مانع راهیابی اش به مجلس هفتم شورای ملی شد به گونه ای که حتی آن یک رأی را هم که خودش به خود داده بود، قرائت نکردند. در مهرماه ۱۳۰۷ ه ش. با تدابیر شدید امنیتی او را دستگیر و از تهران به روستای عقب مانده و مخروبه خواف در نزدیکی مرز افغانستان تبعید کردند و سرانجام بعد از ده سال حبس در تبعید، وی را به کاشمر بردند و در غروب ۲۷ رمضان ۱۳۵۶ ه ق. برابر با دهم آذر ۱۳۱۶ ه ش. او را به افطار با زهر مجبور کردند و سرانجام با عمامه خودش او را به شهادت رساندند.