جدایی بحرین از ایران به طور رسمی در سال 1349ش اتفاق افتاد ولی جدا ساختن این قسمت که بیش از 2000 سال جزء لاینفک ایران بوده است، به سهولت و یک شبه صورت نگرفت و مقدمات این جدایی در دوره قاجاریه فراهم آمد. بحرین از جمله بخش‌هایی بود که استعمارگران انگلیسی با تطمیع حکام محلی و خرج مبالغی هنگفت و دادن وعده و وعیدهای توخالی زمینه را جهت جداسازی آن مهیا کردند. فقدان یک نیروی دریایی کارآمد ایرانی نیز به تحقق این نقشه کمک کرد. مردم بحرین که اکثریت مطلقشان ایرانی و شیعه بودند، از ابتدا نگران نفوذ مخرب انگلیسی‌ها در منطقه بودند و برای جلوگیری از نفوذ آنها سعی می‌کردند به طرق مختلف زمامداران ایران را نسبت به این خطر هوشیار سازند. اما هشدارهای اهالی بحرین حاصلی دربر نداشت و دولتمردان ایران از خواب غفلت برنخاستند. نقل است روزی سیدی بحرینی که برای زیارت مشهد مقدس به ایران آمده بود، در شیراز به دیدار شاهزاده سلطان‌مراد میرزاحسام‌السلطنه حاکم فارس در دوره ناصری رفت. شاهزاده از او درباره اوضاع بحرین سئوال کرد و پرسید با چند کشتی می‌شود از بحرین نگهداری کرد؟ سید بحرینی پاسخ داد که اکنون با یک کشتی ممکن باشد؛ اما چند سال بعد با صدها جهاز نیز ممکن نخواهد بود.1 پیش‌بینی سید بحرینی به تحقق پیوست. از همان هنگام عده‌ای از ایرانیان میهن‌دوست که نگران فعالیت انگلیسی‌ها در خلیج‌فارس بودند برای مقابله با ادعاهای جدایی‌طلبانه به جمع‌آوری اسناد حاکمیت ایران بر بحرین پرداختند. محمدابراهیم کازرونی از جمله این افراد بود که در دوره محمدشاه مأمور شد درباره بنادر و جزایر خلیج‌فارس تحقیق کند. حاصل کار او کتابی است تحت عنوان «تاریخ بنادر و جزایر خلیج‌فارس» که آن را به اولیای امور تقدیم کرده است. در دوره ناصرالدین‌شاه نیز ملک‌التجار بوشهری مأمور شد رساله‌ای در باب مالکیت و حاکمیت ایران بر بنادر و جزایر خلیج‌فارس از جمله بحرین تهیه کند. ملک‌التجار اسناد لازم را جمع‌آوری کرد و در 16 رجب 1268ق/ 6 مه 1851م رساله‌ای در 23 صفحه در اثبات حاکمیت ایران تهیه و به ناصرالدین‌شاه تقدیم کرد. اما کار از کار گذشته بود و بحرین عملاً از سال 1820 در چنگ انگلستان بود. با آغاز مشروطیت و انتشار روزنامه‌های گوناگون، مسئله بحرین نیز از موضوعات بحث روزنامه‌های ایرانی شد. روزنامه مظفری چاپ بوشهر از نشریات معتبر جنوب ایران، که مدیر آن میرزاعلی‌آقا لبیب‌الملک شیرازی از دشمنان سرسخت انگلیس‌ها در خطة جنوب بود،4 بهترین راه مقابله با سیاست تجزیه‌طلبانه انگلیس در بحرین را ثبت تاریخ آن ناحیه دانست. مظفری در 1323ق/1905 چاپ تاریخ بحرین را شروع کرد و در این باره نوشت: «نظر به قولی که در شماره‌های قبل تحت عناوین مقالات داخله و خارجه در خصوص درج و نشر (تاریخ بحرین) که اعظم بلاد اسلامیه و مهمترین نقاط سرحدیه وطن مقدس ما است، به مطالعه‌کنندگان محترم نامة مظفری دادیم و عرض کردیم که شرح اختصاصات آن به وصف نمی‌آید مگر به درج و نشر تاریخ آن، کنون بر حسب وفای به عهد عرض می‌کنیم که جناب فضایل‌مآب شیخ‌محمدعلی بحرانی صهرطهر جناب شریعت‌مآب سلطان‌العلما آقای امام جمعه و جماعت بندر بوشهر، معلم مدرسة مبارکه سعادت بوشهر که از علمای با علم و اطلاع و زهد و ورع و تقوی و جنابش منبع کمالات صوری و معنوی و از اشخاص غیرتمند وطن‌پرست معارف‌خواه است کتابی در تاریخ بحرین که شامل وقایع اغلب و اکثر نقاط بنادر و جزایر خلیج‌فارس خصوصاً بحرین است به لسان عربی تألیف فرموده... این بنده مستمند از ایشان خواهشمند شده که آن را به لسان فارسی ترجمه نموده که چیزی هم از اطلاعات خود نگارنده را به آن افزوده محض آگاهی هموطنان در صحایف جریده مظفری تدریجاً درج و نشر شود.»
