پس از پیروزی کودتاگران در 28 مرداد 1332، دکتر محمد مصدق و یاران نزدیک او تحت تعقیب حکومت قرار گرفتند. در ایـن بین دکتر فاطمی نشانه اول بود. او تقریباً یک ماه پس از اختفا و رسیدن به آسـودگی نسبی،تصمیم گرفت تـاریخ سـیاسی 12 سال عصر خود را بنویسد؛از 1320 تا 1332 ش.او می‌خواست این تاریخ را بر اساس خاطرات خود بنویسد،زیرا شرایطی که در آن به سر می‌برد،خالی از مدارک و اسناد و حتی کتاب‌ها و روزنامه‌ها بود.او با اظهار افسوس از حافظه‌ای کـه اینک،طراوت دوران جوانی را از دست داده،می‌نویسد:«چندین بار از شهریور 1320 به بعد دست‌های آلوده پلیس کاغذهای مرا زیرورو کرده و دو مرتبه نیز دفتر روزنامه باختر امروز دست‌خوش غارت و حریق شده...تنها دفتری که از حادثات زمـان تـوانسته سالم بماند همان دفتر خطخورده و ناخوانای حافظه است.»
دکتر فاطمی پس از دو روز اختفا در خانه یکی از آشنایان،به خانه دکتر محمد محسنی واقع در تجریش پناه می‌برد.روشن نیست اختفای هفت ماهه او در همین خـانه بـوده یا او مجبور شده هر ازگاه مکان خود را تغییر دهد.طبق سندهای به‌جا مانده،ارتش و شهربانی،ردّ او را از ایلات قشقایی تا روستاهای اطراف تهران دنبال کرده‌اند.دکتر سید حسین فاطمی در ساعت 30/9 روز 22/12/1332 دسـتگیر مـی‌شود.در میان اشیاء و مدارک به دست آمده از خانه دکتر محسنی، یکی هم یادداشتهای او بود.فرمانداری نظامی تهران این نوشته‌ها را بسیار مهم تلقی می‌کند و دستور می‌دهد به عنوان مدرک علیه او در دادسـتانی ارتـش اسـتفاده شود.آن‌چه مسلم است دکـتر فـاطمی-بـا توجه به حجمی که خودش در خلال نوشته پیشنهاد کرده،یعنی سه جلد-در نگارش تاریخ سیاسی 12 ساله عصر خود،ناکام می‌ماند،امـا ایـن‌که ایـن یادداشت‌ها،محفوظ مانده همه آن چیزی است که بـه دسـت عوامل کودتا افتاده یا نه، نمی‌توان نظر قطعی داد.
این نوشته-همچنان‌که نویسنده می‌نگارد-تحت تأثیر زمانه خود است. بـا ایـن حـال آن را بدون نقد و نظر تقدیم خوانندگان می‌کنیم. اما توضیح دو نکته شـاید لازم باشد.یکی این نظر دکتر فاطمی در خلال یادداشت‌ها که حجت الاسلام فلسفی را در ارتباط و زدوبند با رزم‌آرا می‌داند. چـه‌بسا ایـن دیـدگاه،از موضع آقای فلسفی نسبت به قضیه ملی شدن نشأت می‌گرفت. حـجت الاسـلام محمد تقی فلسفی همچنان‌که خود می‌گوید در نهضت ملی شدن نفت،در نفی و اثبات آن حرفی نزد.او نه نـامی از آیـت اللّه کـاشانی برد و نه نامی از دکتر مصدق.وی حتی در برابر خواست مکررآیت اللّه کاشانی مـبنی بـر ایـن‌که راجع به نفت در منابر خود سخنی براند،اجتناب کرد.آقای فلسفی به آیت اللّه کـاشانی گـفته بـود:«عمق مسئله نفت را نمی‌فهمم و نمی‌دانم عاقبت این کار چه خواهد شد و آیا انگلیسی‌ها مـی‌گذارند شـما به مقصدتان برسید یا نه.» (خاطرات و مبارزات حجت الاسلام فلسفی، 138) این موضوع،طـرفداران مـلی شـدن نفت را خوش نمی‌آمد؛چراکه آقای فلسفی می‌توانست با نفوذ کلام خود به گسترش نـهضت دامـن بزند. از این رو بود که در نشریاتی چون«شورش»تهمت‌های ناروایی به وی زده شد و این‌طور وانـمود گـردید کـه حجت الاسلام فلسفی در جناح مقابل،یعنی رزم‌آرا و همفکران او قرار دارد.در مورد ارتباط آقای فلسفی با رزمـ‌آرا،بـنابر شواهد موجود، ارتباط مستمر و تعریف‌شده‌ای بین آنان وجود نداشت.وی همه دیـدارهایش را بـا مـقامات رسمی کشور،به دستور آیت اللّه العظمی سید حسین بروجردی صورت می‌داد.دیدار یا دیـدارهای او بـا رزمـ‌آرا به دستور آقای بروجردی و در مورد فرقه بهائیت و ابلاغ پیام ایشان به رزم آرا بـود.
نظر دیگر دکتر فاطمی در مورد بازگردانیدن آیت اللّه کاشانی از تبعید است که به نظر می‌رسد سهم عـمده ایـن اقدام از آن جبهه ملی بوده است.اما شرایط پیداشده در آن زمان که مـردم آیـت اللّه کاشانی را به نمایندگی خود در مجلس شـانزدهم بـرگزیده بـودند،به طور طبیعی همه زمینه‌هاه برای پایـان تـبعید ایشان فراهم شده بود و اطلاعیه‌ها و اعلامیه‌های فراوان از طرف دسته‌ها و جمعیت‌های مختلف در حمایت از آقـای کـاشانی منتشر می‌گردید،به‌ویژه استقبال بـی‌سابقه‌ای کـه از طرف هـمه طـبقات بـه هنگام ورود ایشان به تهران صورت گـرفت،نـشان می‌دهد که سهم اصلی در وقوع این پدیده، همانا خواست آحاد مردم بـوده اسـت.
